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在饲用抗生素促生长机制的研究方面，以前人们多从微生物角度出发，认为是饲用抗生素对肠道微生物的抑制作用。然而，通过分析从前的研究结果，结论并非如此。
有专家采用多次屠宰连续采样的方法对金霉素影响肠微生物的结果以及在动物不同生长阶段的变化情况进行研究，提出了饲用抗生素、动物免疫系统和肠道微生物的三元平衡的理论假设。 他认为饲用抗生素、免疫系统和微生物（以及其他抗原物质）通过一定时间的相互影响会逐渐建立一个三元平衡，而且这个三元平衡影响着抗生素是否具有促生长作用。
三者之间建立的过程可以分为两个时期：一是反应期，在这个时期，新生的畜禽受环境中微生物以及饲料中抗原物质的刺激，机体的免疫系统开始产生免疫反应，饲用抗生素对微生物产生一定的抑制作用，同时有的抗生素还可以对免疫系统起直接的抑制作用。两种作用之和形成免疫屏障，减缓和降低动物机体的免疫反应。饲用抗生素在此期间以此对动物产生相对明显的促生长作用；二是平衡期，在这个时期，肠道微生物的数量增加到正常情况下的最高水平，抗生素与免疫系统联合作用使微生物的数量和免疫反应水平不再增加，三者的正反作用在此时形成相对平衡。此时抗生素对动物不产生相对明显的促生长作用。
因此，在实际生产中，作为饲料添加剂的抗生素水平宜以预防和促生长作用的剂量而不宜以治疗剂量长期添加。
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