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牛病毒性腹泻病毒1 (BVDV-1) 和BVDV-2正确分型的新基因组靶点
现代畜牧网 http://www.cvonet.com 2024/7/2 18:22:06 关注：213 评论： 我要投稿
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全基因组系统发育分析是一种最适合用于牛病毒性腹泻病毒1（BVDV-1）和BVDV-2分型的策略，但对许多实验室来说是不可行的。因此，通常根据单基因组区域（主要是5'非翻译区 (UTR)）的分析来对BVDV分离株/毒株进行分型。然而，这种方法可能导致病毒分类不准确和/或缺乏统计学依据。在本研究中，我们介绍了新型引物合成，其扩增子可轻松测序并用于BVDV分型。首先，我们分析了上述提及的最适合用于BVDV分型的基因组区域靶点，以设计高覆盖率引物。对假定扩增子进行了计算机模拟分析，以确定它们是否适合重现118个BVDV-1和88个BVDV-2 完整/近似完整基因组（CNCG）（GenBank）的系统发育分类。还分析了可通过引物HCV90-368、324-326 和BP189-389（5'UTR）扩增的区域，这些引物已被用于BVDV的诊断和/或分类。确认引物扩增子与CNCGs分析结果一致后，我们优化了RT-PCR，并评估了其扩增 BVDV分离株/毒株（35株BVDV-1；33株BVDV-2）的性能。对于BVDV分型的潜在靶点，我们设计了NS3-NS4A（BVDV-1）（526 bp 扩增子）和 NS5B（BVDV-2）（728 bp）的高覆盖引物。根据这些区域分类，完全再现了所有CNCG分型。另一方面，基于引物HCV90-368、324-326和BP189-389的假定扩增子分型与CNCG分析结果不一致。NS3-NS4A和NS5B引物也可扩增所有测试的BVDV分离株/毒株。最后，我们建议在未来BVDVs系统发育和流行病学研究中使用这些引物。
原文链接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37589803/
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| 文章来源：中国动物卫生与流行病学中心 文章编辑：一米优讯 |
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