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鸡基因组调控图谱ChickenGTEx平台上线
现代畜牧网 http://www.cvonet.com 2025/9/8 13:19:15 关注：166 评论： 我要投稿
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8月19日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所（智能计算平台）联合中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）、美国加利福尼亚大学戴维斯分校、丹麦奥胡斯大学、中国农业大学等完成的鸡遗传变异-分子表型-表型关联信息知识平台ChickenGTEx（http://chicken.farmgtex.org）正式发布。该平台涵盖鸡跨组织、跨性别等多维度遗传变异调控图谱，包含了遗传变异、泛转录本分子表型及表型间的调控关系及调控效应，为鸡重要经济性状遗传机制解析、精准育种及人工智能表型预测提供了重要数据信息资源平台，服务农业科技基础研究和育种创新攻关。相关内容发表在《核酸研究（Nucleic Acids Research）》期刊。
聚焦畜禽重要经济性状机制解析缺乏足够的精度和深度及可利用资源短缺这一难题，ChickenGTEx平台汇聚了：1）全球123个品种2869只鸡的全基因组遗传变异；2）28个组织鉴定的5种分子表型（基因表达、可变剪接、可变多聚腺苷酸化（APA）等）；3）257个表观基因组图谱及基于此预测的染色质状态和调控元件；4）9个组织191个细胞类型的单细胞基因表达谱；5）百万级关联分子表型的遗传变异与调控效应；6）不同性别、组织、细胞类型的特异性调控效应；7）96386个关联鸡108个重要表型的遗传变异及潜在分子机制。
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所（智能计算平台）于2025年1月投入运行，旨在赋能农业动物大数据及人工智能等领域研究，推动农业动物产业向信息化、智能化升级，实现资源信息化共享。牧医所侯娅丽研究员、中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）章张研究员、奥胡斯大学房灵昭副教授为本文共同通讯作者，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）邹东高级工程师、北京市农林科学院初芹研究员、河南中医药大学王瑞珍博士后、UC Davis大学管代禄博士后等为共同第一作者。数据库展示的相关分析和结果解读主要来源于参与文章“Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens”，于2025年4月发表在《自然·遗传学（Nature Genetics）》上。研究获国家重点研发计划等项目支持。
原文链接：
《Nucleic Acids Research》： https://doi.org/10.1093/nar/gkaf731《Nature Genetics》： https://www.nature.com/articles/s41588-025-02155-9数据库地址：http://chicken.farmgtex.org
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| 文章来源：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 文章编辑：一米优讯 |
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